发布日期：2022-05-11浏览次数：717来源：蓝景科信
2018年11月，来自加州大学旧金山分校的Hani Goodarzi研究团队在Nature Medicine期刊发表了题为“Cancer cells exploit an orphan RNA to drive metastatic progression”的文章 (IF=32.621)，系统的研究了在乳腺癌细胞中特异性表达的非编码small RNAs (研究人员称之为“孤儿”非编码RNA，'orphan' nocoding RNAs，oncRNA) 推动癌症发展的新型调节机制。通过将癌细胞系的small RNA测序 (smRNA-seq) (使用Bioo Scientific NEXTflex Small RNA Seq Kit v3建库试剂盒)，与患者来源的肿瘤异种移植物 (PDX) 模型相结合，并整合现有临床乳腺癌数据集进行分析。研究发现“孤儿”非编码RNA oncRNA能够促进癌症转移，并且存在于源自癌细胞的外泌体中。
研究材料和方法：
MDA-MB-231, MDA-LM2, CN34-par, CN34-Lm1a, MCF7, MDA-MB-453, HCC1395, ZR-75-1, HCC38, SK-BR-3乳腺癌细胞系和HMECs乳腺上皮细胞。
测序方法：
Bioo Scientific NEXTflex Small RNA Seq Kit v3，用于small RNAs和extracellular-vesicle RNAs测序建库。
研究结果:
研究发现并注释了201个之前未知的smRNA，这些smRNA在乳腺癌细胞中表达而不在乳腺上皮细胞中表达。为了研究这些oncRNAs中的任何成员是否在乳腺癌进展中起直接作用，比较了低转移和高转移细胞中oncRNA的表达。成功发现并验证了在这201个oncRNA中，有一种起源于TERC (端粒酶的RNA组分) 的3'末端的oncRNA，具有与TERC基因的3'端相同的序列，与癌症发生紧密相关。这种oncRNA长度仅为45个碱基，它在高度转移性的乳腺癌中大量存在，研究人员将它称为T3p。T3p是一种癌症转移加速器，与乳腺癌细胞中RISC (蛋白复合物) 相互作用并抑制RISC的活性，从而提高促转移基因NUPR1和PANX2的表达，最终促进乳腺癌转移，使癌细胞更具侵袭性。此外，包括T3p在内的许多oncRNAs可以在源自癌细胞的细胞外泌体或乳腺癌患者的血清中检测到，增加了它们在非肿瘤细胞中具有重要作用的可能性。另外，鉴于它们在正常细胞中的缺失，在临床上，外泌体中的oncRNA可以作为潜在的诊断标志物，应用于癌症的液体活检中。
图片来自Nature Medicine, doi:10.1038/s41591-018-0230-4
Fig.1 T3p (一种oncRNA) 与乳腺癌转移有关。
图片来自Nature Medicine, doi:10.1038/s41591-018-0230-4
Fig.2 细胞外泌体中OncRNAs的系统分析 (T3p存在于细胞外泌体中)
Bioo Scientific的NEXTflex Small RNA Seq Kit v3产品特点
1. 通过随机adapters降低bias
2. 起始量支持1 ng~2 μg总RNA，或者从1-10 μg 总RNA中纯化的small RNA
3. Gel-free或low-input
1) >200 ng起始量可以gel-free
2) 起始量支持1 ng总RNA(根据样本情况) ，需要胶纯化
4. 利用双重方法显著降低接头二聚体产生
使用磁珠法纯化多余3' adapter，并用酶灭活剩余的3' adapter
5. 更高的检测率，降低了测序成本
6. AIR™ Ligase，一种高效的截短型的T4 RNA连接酶，得到更高的测序深度
7. 包含48种barcodes，可进行多重测序
NEXTflex™ Small RNA Sequencing Kit v3 产品链接
参考文献：
Fish L, Zhang S, Yu JX, Culbertson B, Zhou AY, Goga A, Goodarzi H. Cancer cells exploit an orphan RNA to drive metastatic progression.
Nature Medicine 2018 24(11): 1743-1751 doi: 10.1038/s41591-018-0230-4
