利用RNA建库测序（Bioo Rapid Directional qRNA-Seq）探索TCF4在SHH髓母细胞瘤中的调控机制

2019年3月4日，来自德国汉堡大学医学中心儿科血液肿瘤科的Ulrich Schüller研究员，在Acta Neuropathologica期刊发表题为“TCF4 (E2‑2) harbors tumor suppressive functions in SHH medulloblastoma”的文章(IF=15.872)。该研究利用RNA建库测序技术(NEXTFLEX Rapid Directional qRNA-Seq Kit(Bioo Scientific))探索TCF4(Transcription factor 4)在SHH髓母细胞瘤中的调控机制。该研究不仅表明了TCF4在小脑发育过程中的时间特异性作用，而且指出了TCF4出生后小脑发育中肿瘤抑制因子，TCF4突变体和SHH MB形成之间的联系。

研究背景：

TCF4基因编码碱性螺旋-环-螺旋transcription factor 4(TCF4，也称为SEF2，ITF2，E2-2、ME2等)，在中枢神经系统(CNS)发育中起到重要作用。研究发现，TCF4单倍不足可导致Pitt-Hopkins syndrome综合征(PTHS)，PTHS是一种严重的神经发育障碍疾病。对一种具有高度侵袭性的胚胎性脑肿瘤——骨髓母细胞瘤(MB)进行大量筛选后发现，近20%的SHH型髓母细胞瘤成年患者，携带有TCF4突变。有趣的是，具有这些突变的PTHS患者在之前检测时，许多被检测为生殖细胞系突变。

研究材料： 

Mice ：hGFAP-cre ,Math1-creERT2,SmoM2-YFPfl/fl，Tcf4fl/fl; hGFAP-cre:: Tcf4fl/fl, hGFAPcre::Tcf4fl/flSmoM2-YFPfl/+, Math1-creERT2::Tcf4fl/fl and Math1-creERT2::Tcf4fl/flSmoM2-YFPfll+, mice were generated by crossing Tcf4fl/fl with the respective mouse strains。人类肿瘤细胞SHH MB。

研究方法：

NEXTFLEX Rapid Directional qRNA-Seq Kit(Bioo Scientific)进行RNA文库构建。

Fig.1 人髓母细胞瘤中TCF4突变以及它们对DAOY(人髓母细胞瘤)细胞增殖的影响

研究发现，在体外，野生型TCF4的过表达可以显著抑制MB细胞的增殖，然而，突变型TCF4的蛋白表达没有相同的功效。此外，经RNA测序显示，野生型TCF4表达后，多个典型的肿瘤抑制因子显著上调。在体内，产前小鼠TCF4的敲除导致小脑颗粒神经元前体细胞(CGNP)细胞凋亡显著增加，同时细胞增殖减少，迁移失败;人们认为CGNP是SHH MB的起源细胞。相比之下，产后在体外和体内敲除TCF4，无论是否有额外的SHH通路组成性激活，都会引起CGNP或MB细胞增殖显著增加。最后，来自人类MB的公开数据显示，相对较低的TCF4表达水平与更加严重的临床结果显著相关。

NEXTflex® Directional qRNA-Seq™ Kit产品特点：

· 制备链特异性的，分子标签标记的RNA文库

· 能够高精度定量检测RNA转录

· 较高的接头连接效率，产出大量不同的Reads

· 起始量为10ng-1μg总RNA，1-100ng mRNA或者去除rRNA的总RNA

· 内含96种barcodes

· 匹配PE Sciclone的NGS和NGSx自动化建库系统

· 经Illumina测序平台验证