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NEXTFLEX® 18S ITS Amplicon-Seq Kit

低PCR偏差和高目标序列读取率

快速18SITS1和ITS2文库制备的方案

低样品量-低至1ng的基因组DNA

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NEXTflex ™ 18S ITS Amplicon-Seq Kit专为真核生物18S核糖体RNA(rRNA)基因ITS1和ITS2高变内源转录间隔区文库制备设计的一款试剂盒,检测真核群落中的组成,支持多重扩增子测序建库。该试剂盒兼容于Illumina Miseq测序平台双端测序。

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Figure 1. 18SrRNA基因保守区和高变区

NEXTflex 18S ITS Amplicon-Seq Kit和NGS一起可以方便高效的检测真核群落的组成。


快速的18S分析

18S ITS 建库实验流程中涉及到2步扩增过程:利用定制的PCR引物,对目标ITS 区域进行初始PCR扩增;随后,连接测序barcodes后的第二次扩增。限定的磁珠纯化次数确保下游扩增子的回收率。


低PCR偏差,高目标序列读取率实验流程

NEXTflex 18S ITS Amplicon-Seq Kit 所得测序结果比传统18S 测序建库试剂盒要好,流程中采用2步PCR,以增加样本特异性index,减少扩增子测序中的目标序列脱靶率。


产品特点:

  • 低PCR偏差和高目标序列读取率

  • 快速18SITS1和ITS2文库制备的方案

  • 低样品量-低至1ng的基因组DNA

  • 灵活的barcode选择-多达384的独特barcodes可运用

  • 测序引物都包含在此试剂盒中

  • 匹配PE的Sciclone NGS和NGSx自动工作站

  • 经IlluminaMiSeq测序平台验证


产品列表:

货号产品名称规格
NOVA-4210-02

NEXTflex™ 18S ITS Amplicon-Seq Kit (12 Barcodes)

24 RXNS


工作流程:

KIT CONTENTS


  • NEXTFLEX® PCR Master Mix

  • NEXTFLEX® 18S ITS PCR I Primer Mix

  • NEXTFLEX® PCR II Barcoded Primer Mix

  • Resuspension Buffer

  • Nuclease-free Water


REQUIRED MATERIALS NOT PROVIDED


  • 1 ng – 50 ng high-quality genomic DNA in up to 36 µL nuclease-free water for each library

  • 96 well PCR Plate Non-skirted (Phenix Research, Cat # MPS-499) or similar

  • Adhesive PCR Plate Seal (Bio-Rad®, Cat # MSB1001)

  • Agencourt® AMPure® XP 5 mL (Beckman Coulter® Genomics, Cat # A63880)

  • Magnetic Stand – 96 (Thermo Fisher® Scientific, Cat # AM10027) or similar

  • Thermocycler

  • 2, 10, 20, 200 and 1000 µL pipettes / multichannel pipettes

  • Nuclease-free barrier pipette tips

  • Vortex

  • 80% Ethanol, freshly prepared (room temperature)


Davey, M. P., Norman, L., Sterk, P., Huete-Ortega, M., Bunbury, F., Loh, B. K., . . . Smith, A. G. (2019). Snow algae communities in Antarctica – metabolic and taxonomic composition. New Phytologist. doi:10.1111/nph.15701

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