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riboPOOL 核糖体RNA去除

工作流程快:一步法,完整工作流程仅用时70min

起始量范围广泛:在100 ng到5μg的RNA起始量之间都有很好的去除效率

高效的去除:去除效率高,结果稳定可重复

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  • 人源/小鼠/大鼠
  • 植物通用型
  • 原核通用型

ribo POOL 灵活高效的去除核糖体RNA

核糖体RNAs(rRNA)约占RNA-Seq数据读取量的90%,去除后可大大节省RNA-seq的测序成本。

riboPOOL可以高效和特异性地去除rRNAs,适合各种模式和非模式物种或RNA序列。


产品特点:

  • 种类丰富:丰富的成品型目录可供选择,目录持续更新中;目录以外物种或RNA可以定制

  • 工作流程快:一步法,完整工作流程仅用时70min

  • 起始量范围广泛:在100 ng到5μg的RNA起始量之间都有很好的去除效率

  • 针对特殊应用定向优化:ibosome profiling样本;环境转录组学(如土壤、污泥)

  • 高效的去除:去除效率高,结果稳定可重复

  • 搭配灵活:兼容各种RNA纯化和RNA建库方法

  • 探针法:没有酶切偏好,可以均一的覆盖转录本;无打断样本风险;适用于无polyA结构的RNA(如snoRNA,LncRNA, 组蛋白)

  • 兼容多种下游分析方法:如RNA-Seq、微阵列分析和实时定量PCR等

  • 可混合使用:客户可根据样本的组成比例,混合使用2-4种riboPOOL,如病原体感染的人体组织(人源+原核通用型)、人血液样本(人源+人血珠蛋白)、植物微生物群研究(植物通用型+原核通用型)


目录 成品型 riboPOOLs


通用型riboPOOLs      真核生物riboPOOLs     
003  原核通用型005 酿酒酵母
026  细菌通用型006 丝状真菌
031  植物通用型007 果蝇
032  鸟类通用型008 拟南芥
027  古细菌通用型009 水稻
035  放线菌通用型010 斑马鱼
041  哺乳动物通用型011 堡礁海绵
044  海绵通用型014 丝毛鼠(龙猫)
050 人鼠Ribo-seq017 蛤蜊
053 人鼠高质量样本019 毕氏酵母
056 人鼠(低质量/FFPE样本)020 珀蝽
原核生物riboPOOLs     024 玉蜀黍黑粉菌
004 大肠杆菌028 涡虫
012 枯草芽孢杆菌029 家蚕
013 新月柄杆菌030 扁虱
015 产气荚膜梭菌033 石藻
016 盐富饶菌

047 伊蚊

018 铜绿假单胞菌059 裂殖酵母
021 金黄色葡萄球菌060 鸡
022 沙门氏菌061 果蝇(降解样本)
023 寡氧单胞菌062 线虫
高丰度mRNA      

063 牡蛎

025 人血珠蛋白
034 Poly-A
038 SARS-CoV-2


riboPOOL 工作流程

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ribo POOL 有效起始量范围(100ng-5ug)

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ribo POOL 可混合使用(复合型)

复合型ribo POOL,可根据客户样本组成混合2-4种成品型riboPOOL.

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测试样本为(a)SW48 细胞 (人源), NIH3T3细胞 (小鼠)和DH10B株大肠杆菌RNA混合物。

实验比较(b)单独使用人源、鼠源、原核通用型riboPOOL和(c)使用复合型riboPOOL(由1:1:1的人源、鼠源、原核通用型riboPOOL混合构成),两者均可有效去除1μg RNA混合样本中的rRNA.

rRNA的去除效率用生物分析仪,或rtqPCR分析评估(用rRNA或GAPDH(管家基因)特异性的引物进行实时定量PCR )。

人源/小鼠/大鼠riboPOOLs

  • 可去除细胞质rRNA (28S, 18S, 5.8S & 5S rRNA)&线粒体rRNA

  • 高质量RNA(RIN >7),rRNA去除效率可达97%-98%

  • 降解RNA/FFPE(RIN <7),rRNA去除效率可达87%-98%

  • Ribo-Seq(30nt片段),优化不易去除区域探针密度,rRNA去除效率约75%

*不同实验方案间有一定差异


riboPOOL的rRNA去除效率高约10%

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两种试剂的可重复性相当

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植物通用型(被子植物)

  • 可去除细胞质(28S, 18S, 5.8S & 5S) 、质体和线粒体 rRNA

  • 广泛覆盖开花植物

  • 适合叶片、种子和根等各种组织部位


植物通用型 riboPOOL 可以覆盖开花植物的主要门类

包括30 多个目(见下图)常见物种,如下:

水稻 · 麻疯树 · 大豆·土豆 · 棉花 · 咖啡·胡萝卜 · 洋蓟 · 橄榄·拟南芥 · 玉米 · 翠菊·小麦 · 苹果 · 橙子·荞麦 · 及其他

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植物通用型 riboPOOL的β测试结果

开花植物的去除效率大于91%

值得注意的是,在原始藻类绿藻中rRNA去除效率为80%,表明植物通用型riboPOOL可以应用于被

子植物以外的植物门类。


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原核通用型(细菌/古生菌)

  • 覆盖广泛的原核生物(细菌/古生菌),适合微生物培养物、宏基因组、微生物组群分析

  • 去除目标涵盖 5S, 16S and 23S rRNA

原核通用型 riboPOOL设计依据

基于76个代表性物种的rRNAs 序列设计的微生物通用型 riboPOOL,适合图中所示的类群(内圈,粗体)和亚群(外圈)所涵盖的细菌和古细菌。

*如果您感兴趣的物种不属于这些类群或亚群,请咨询我们的定制型riboPOOLs产品。

**译注:暂无中文译名


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原核通用型 riboPOOL已验证物种(RNA-Seq)

测试结果来自不同的实验室,rRNA去除效率从~50-98%不等,在大多数物种中rRNA去除效率> 70% 。去除效率可能因样品类型和实验条件的不同而不同。高质量的RNA样本中效率最高。推荐的起始RNA投放量为100 ng - 5 μg。

已检测的物种  
去除效率验证 
大肠杆菌
鼠伤寒沙门氏菌
霍乱弧菌
金黄色葡萄球菌
凯伍热厌氧菌
鲍氏不动杆菌
恶臭假单胞菌
热醋穆尔氏菌
紫色杆菌
具核梭杆菌
幽门螺杆菌
空肠弯曲杆菌
艰难梭菌


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