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Bioo Scientific 助力孤儿非编码RNA(oncRNA)与癌症转移关系的研究

2019-04-15 11:31:54

2018年11月,来自加州大学旧金山分校的Hani Goodarzi研究团队在Nature Medicine期刊发表了题为“Cancer cells exploit an orphan RNA to drive metastatic progression”的文章(IF=32.621),系统的研究了在乳腺癌细胞中特异性表达的非编码small RNAs(研究人员称之为“孤儿”非编码RNA,‘orphan’ nocoding RNAs,oncRNA)推动癌症发展的新型调节机制。通过将癌细胞系的small RNA测序(smRNA-seq)(使用Bioo Scientific NEXTflex Small RNA Seq Kit v3建库试剂盒),与患者来源的肿瘤异种移植物(PDX)模型相结合,并整合现有临床乳腺癌数据集进行分析。研究发现 “孤儿”非编码RNA(oncRNA)能够促进癌症转移,并且存在于源自癌细胞的外泌体中。


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研究材料和方法:


MDA-MB-231, MDA-LM2, CN34-par, CN34-Lm1a, MCF7, MDA-MB-453, HCC1395, ZR-75-1, HCC38 ,SK-BR-3乳腺癌细胞系和 HMECs乳腺上皮细胞。 


测序方法:Bioo Scientific NEXTflex Small RNA Seq Kit v3,用于small RNAs和 extracellular-vesicle RNAs测序建库。


研究结果:


研究发现并注释了201个之前未知的smRNA,这些smRNA在乳腺癌细胞中表达而不在乳腺上皮细胞中表达。为了研究这些oncRNAs中的任何成员是否在乳腺癌进展中起直接作用,比较了低转移和高转移细胞中oncRNA的表达。成功发现并验证了在这201个oncRNA中,有一种起源于TERC(端粒酶的RNA组分)的3'末端的oncRNA,具有与TERC基因的3'端相同的序列,与癌症发生紧密相关。这种oncRNA长度仅为45个碱基,它在高度转移性的乳腺癌中大量存在,研究人员将它称为T3p。T3p是一种癌症转移加速器,与乳腺癌细胞中RISC(蛋白复合物)相互作用并抑制RISC的活性,从而提高促转移基因NUPR1 和PANX2的表达,最终促进乳腺癌转移,使癌细胞更具侵袭性。此外,包括T3p在内的许多oncRNAs可以在源自癌细胞的细胞外泌体或乳腺癌患者的血清中检测到,增加了它们在非肿瘤细胞中具有重要作用的可能性。另外,鉴于它们在正常细胞中的缺失,在临床上,外泌体中的oncRNA可以作为潜在的诊断标志物,应用于癌症的液体活检中。



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图片来自Nature Medicine, doi:10.1038/s41591-018-0230-4


Fig. 1 T3p (一种oncRNA) 与乳腺癌转移有关。


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图片来自Nature Medicine, doi:10.1038/s41591-018-0230-4


Fig. 2 细胞外囊泡中OncRNAs的系统分析(T 3p存在于细胞外囊泡中)


Bioo Scientific   NEXTflex Small RNA Seq Kit v3


产品特点


1. 通过随机adapters降低bias

2. 起始量支持1 ng~2 μg总RNA,或者从1-10 μg 总RNA中纯化的small RNA

3. Gel-free或low-input

      >200 ng起始量可以gel-free

      起始量支持1 ng总RNA(根据样本情况) ,需要胶纯化

4. 利用双重方法显著降低接头二聚体产生

      使用磁珠法纯化多余3’ adapter,并用酶灭活剩余的3’ adapter

5. 更高的检测率,降低了测序成本

6. AIR™ Ligase,一种高效的截短型的T4 RNA连接酶,得到更高的测序深度

7. 包含48种barcodes ,可进行多重测序

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