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myBaits 被子植物353个单拷贝核基因靶向捕获试剂盒

被子植物353个单拷贝核基因靶向捕获试剂盒-研究植物系统分类和进化的利器

Plant Universal Angiosperms 353


产品概述

myBaits Angiosperms 353是从600种被子植物中,筛选353个单拷贝核基因,作为捕获序列,利用k-medoid聚类法设计靶向捕获探针,生物素化的RNA探针长度120 bp,对被子植物的353个单拷贝核基因进行定向捕获测序。平均每个物种覆盖283个基因,所有被子植物至少覆盖100个直系同源单拷贝核基因。每个物种至少靶向137 kbp,最大捕获区域为250 kbp,另外覆盖了212 kbp的非编码区。


产品特点

低起始量-1 ng-3 μg,推荐100-500 ng

覆盖广-捕获覆盖整个目标序列

兼容性-兼容NGS文库制备,允许多个碱基错配

高精度-近缘和远缘的个体或者种群精准捕获,不引入biases

低投入-节约时间成本和经费成本

高通量-多个文库同一反应进行,每个反应pooling 2-16个样本

通用性-适用于被子植物的系统进化分析,建立DNA条形码


产品应用

说明书

实验流程

实验数据

引用文献

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基因覆盖效率


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Figure 1. Heatmap of Gene Recovery Efficiency. Each row is one sample, and each column is one gene. Colors indicate the percentage of the target length (calculated by the mean length of all k-medoid transcripts for each gene) recovered. Numbers indicate the Input Category (see main text).

  • Johnson M. et al. (2018) A universal probe set for targeted sequencing of 353 nuclear genes from any flowering plant designed using k-medoids clustering[J]. Systematic Biology. https://doi.org/10.1093/sysbio/syy086

  • Singhal S. et al. (2017) Squamate Conserved Loci (Sq CL): A unified set of conserved loci for phylogenomics and population genetics of squamate reptiles[J]. Molecular ecology resources. doi: 10.1111/1755-0998.12681

  • Shaffer H B. et al. (2017) Phylogenomic analyses of 539 highly informative loci dates a fully resolved time tree for the major clades of living turtles (Testudines)[J]. Molecular Phylogenetics and Evolution. doi: 10.1016/j.ympev.2017.07.006

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