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利用RNA建库测序(Bioo Rapid Directional qRNA-Seq)探索TCF4在SHH髓母细胞瘤中的调控机制

发布日期:2022-05-11浏览次数:42来源:蓝景科信

2019年3月4日,来自德国汉堡大学医学中心儿科血液肿瘤科的Ulrich Schüller研究员,在Acta Neuropathologica期刊发表题为“TCF4 (E2‑2) harbors tumor suppressive functions in SHH medulloblastoma”的文章(IF=15.872)。该研究利用RNA建库测序技术(NEXTFLEX Rapid Directional qRNA-Seq Kit(Bioo Scientific))探索TCF4(Transcription factor 4)在SHH髓母细胞瘤中的调控机制。该研究不仅表明了TCF4在小脑发育过程中的时间特异性作用,而且指出了TCF4出生后小脑发育中肿瘤抑制因子,TCF4突变体和SHH MB形成之间的联系。

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研究背景

TCF4基因编码碱性螺旋-环-螺旋transcription factor 4(TCF4,也称为SEF2,ITF2,E2-2、ME2等),在中枢神经系统(CNS)发育中起到重要作用。研究发现,TCF4单倍不足可导致Pitt-Hopkins syndrome综合征(PTHS),PTHS是一种严重的神经发育障碍疾病。对一种具有高度侵袭性的胚胎性脑肿瘤——骨髓母细胞瘤(MB)进行大量筛选后发现,近20%的SHH型髓母细胞瘤成年患者,携带有TCF4突变。有趣的是,具有这些突变的PTHS患者在之前检测时,许多被检测为生殖细胞系突变。


研究材料: 

Mice :hGFAP-cre ,Math1-creERT2,SmoM2-YFPfl/fl,Tcf4fl/fl; hGFAP-cre:: Tcf4fl/fl, hGFAPcre::Tcf4fl/flSmoM2-YFPfl/+, Math1-creERT2::Tcf4fl/fl and Math1-creERT2::Tcf4fl/flSmoM2-YFPfll+, mice were generated by crossing Tcf4fl/fl with the respective mouse strains。人类肿瘤细胞SHH MB。


研究方法:

NEXTFLEX Rapid Directional qRNA-Seq Kit(Bioo Scientific)进行RNA文库构建。

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Fig.1 人髓母细胞瘤中TCF4突变以及它们对DAOY(人髓母细胞瘤)细胞增殖的影响


研究发现,在体外,野生型TCF4的过表达可以显著抑制MB细胞的增殖,然而,突变型TCF4的蛋白表达没有相同的功效。此外,经RNA测序显示,野生型TCF4表达后,多个典型的肿瘤抑制因子显著上调。在体内,产前小鼠TCF4的敲除导致小脑颗粒神经元前体细胞(CGNP)细胞凋亡显著增加,同时细胞增殖减少,迁移失败;人们认为CGNP是SHH MB的起源细胞。相比之下,产后在体外和体内敲除TCF4,无论是否有额外的SHH通路组成性激活,都会引起CGNP或MB细胞增殖显著增加。最后,来自人类MB的公开数据显示,相对较低的TCF4表达水平与更加严重的临床结果显著相关。


NEXTflex® Directional qRNA-Seq™ Kit产品特点:

· 制备链特异性的,分子标签标记的RNA文库

· 能够高精度定量检测RNA转录

· 较高的接头连接效率,产出大量不同的Reads

· 起始量为10ng-1μg总RNA,1-100ng mRNA或者去除rRNA的总RNA

· 内含96种barcodes

· 匹配PE Sciclone的NGS和NGSx自动化建库系统

· 经Illumina测序平台验证

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